1997年，南市区辖5个街道、3个乡：联盟路街道、红星路街道、裕华路街道、永华路街道、南关街道、南大园乡、焦庄乡、杨庄乡。
　1998年12月21日，河北省人民政府批准同意调整保定市部分县区的行政区划。其中：（1）将清苑县五尧乡所辖的小汲店村划归新市区富昌乡；大汲店、后高庄2个村划归新市区江城乡；西小庄、乌马庄、东五尧、西五尧、北五尧、管庄、小祝泽、四平庄、北唐庄、丰台10个村划归南市区，南市区设立五尧乡，乡人民政府名称、驻地不变；（2）将清苑县清苑镇所辖的青堡、毕庄、赵庄、新安铺、褚庄、连庄一村、连庄二村、连庄三村、朱庄、阮庄10个村划归南市区焦庄乡，北沟头、南沟头、南辛庄、北辛庄、安5个村划归南市区五尧乡；（3）撤销清苑县大阳乡，将所辖的大阳西、大阳东、中阳、中阳、下闸4个村划归南市区杨庄乡；（4）将省荣军医院、河北农大农场、先锋机械厂3个单位所辖的地域从清苑县境内划至南市区境内，各自隶属关系不变。（5）将杨庄乡所辖的小营坊、刘庄、东关3个村划归北市区东关街道办事处；西康庄划归北市区东金庄乡。杨庄乡继续管辖剩余的7个村。南市区共增加25个村、3个单位，4.02万人，57.33平方千米。至此，南市区辖5街道4乡，共58个村、78个居委会，22.9万人，99.3平方千米。
　2000年，南市区辖5个街道、4个乡。 根据第五次人口普查数据：全区总人口241488人，其中各乡镇人口（人）： 联盟街道 41491 红星街道 16514 裕华街道 14585 永华街道 27405 南关街道 41862 杨庄乡 10545 南大园乡 33455 焦庄乡 28484 五尧乡 27147
　2002年底，南市区面积72.25平方千米，人口23.92万。辖5个街道、4个乡，33个社区居委会、61个村委会。区政府驻烟厂路副27号。
　红星路街道 办事处驻红星路41号。面积4.86平方千米，人口1.13万。辖5个社区居委会：红星、四中、红旗、大慈阁、清真寺。
　裕华路街道 办事处驻穿行楼南街头17号。面积5.85平方千米，人口3.18万。辖5个社区居委会：裕华园、力高、环南、莲池、二中。
　联盟路街道 办事处驻三丰东路9号。面积3.94平方千米，人口4.01万。辖6个社区居委会：六一、红阳、刘守庙、关东街、金玉兰、家园社区。
　永华路街道 办事处驻中心街。面积4.8平方千米，人口4.01万。辖8个社区居委会：永华中路、体育场、灵雨寺、西路、南路、铁路、唐家胡同、淮军公所。
　南关街道 办事处驻三丰中路170号。面积10.1平方千米，人口3.68万。辖9个社区居委会：鑫泰、史庄、晨光、农大、荣校、先锋、建国路、支农路、南关大街。
　南大园乡 乡政府驻马家疃村。面积17.2平方千米，人口2.07万。辖17个村委会：马家疃、南大园、刘家疃、东马池、西马池、中马池、八里庄、东小庄、止舫头、金庄、岳庄、史庄、窑上、黄庄、东五里铺、南刘各庄、北刘各庄。
　焦庄乡 乡政府驻焦庄村。面积24.3平方千米，人口2.58万。辖18个村委会：焦庄、朱庄、鲁庄、赵庄、聂庄、青堡、阮庄、褚庄、樊庄、毕庄、连一、连二、连三、南王庄、新安铺、东韩蒋、西韩蒋、铸钱庄。
　杨庄乡 乡政府驻红星路。面积12.7平方千米，人口1.27万。辖11个村委会：杨庄、下闸、中阳、东康各庄、大阳东街、大阳西街、东高庄、西高庄、刘守庙、王宋庄、王范庄。
　五尧乡 乡政府驻乌马庄村。面积12.8平方千米，人口1.99万。辖15个村委会：乌马庄、北沟头、南沟头、东五尧、西五尧、北五尧、北辛庄、南辛庄、西小庄、西平庄、小祝泽。